Обычно вы указываете человеку, устанавливающему программное обеспечение, запускать такой сценарий вручную в рамках процедуры установки.
Однако, если вы настаиваете на том, чтобы это делалось автоматически, может быть разумнее просто проверить, существует ли БД или правильная версия (в зависимости от того, что у вас уже есть в версиях ... вы делаете храните версию БД в БД, верно?) и не запускайте скрипт в этом случае.