Редактор сравнения действительно отличается от стандартных редакторов, каждая функциональность должна быть переопределена для него. Вы должны кодировать его самостоятельно (насколько я знаю), но вы можете посмотреть на реализацию оригинального редактора для подсказок.
В случае Eclipse, AbstractDecoratedTextEditor реализует функциональность отображения маркера (который является потомком класса TextEditor). Что делает эту функциональность трудной для реализации в случае редакторов сравнения, так это то, что редактор сравнения открывает сразу два ресурса, поэтому сложнее поместить каждый маркер на правильное место (я думаю, поэтому он не реализован в общем).