Нет способа установить глобальную кодировку в PHP. Лучшее, что вы можете сделать, это всегда использовать семейство функций mb_
и стараться всегда четко указывать кодировку, которую вы хотите использовать.
Что касается MySQL, в частности, вы можете убедиться, что он соединяется с использованием utf-8, обычно вызывая метод / функцию набора кодирования сразу после подключения или в конструкторе, если вы используете pdo (см. http://ar.php.net/manual/en/pdo.construct.php.)
Использование utf-8 с PHP требует некоторой дисциплины, но, безусловно, оно того стоит. Надеюсь, что это поможет.