Может ли Rhino анализировать полный HTML-файл с JavaScript в нем?
Rhino - это движок JavaScript, а не полная реализация DOM браузера. HTML-анализ и DOM API должны быть предоставлены чем-то другим.
HtmlUnit - это программа, эмулирующая веб-браузер. Он использует Rhino для запуска JavaScript на странице.