Вы не указываете, по какой строке кода генерируется исключение. (Примечание: не размещение всей имеющейся у вас информации о проблеме снижает ваши шансы на получение полезных ответов.)
Однако я догадываюсь, что это происходит из-за второго вызова, показанного ниже, в которомЕсли проблема заключается в попытке открыть файл дважды:
Scanner input = new Scanner(f);
PrintStream output = new PrintStream(f);