Предположительно, где-то у вас есть ссылки на окна вашего приложения.Оттуда вы просто говорите окну -orderOut:.
Даже если вы сами не отслеживаете свои окна, вы можете получить список окон вашего приложения, спросив [NSApp windows].
В приложении на основе документов вы можете получить все окна по их документам (может быть много окон на отдельный документ), задав: [[NSDocumentController sharedDocumentController] documents], затем запрашивая у каждого его -windowControllers, а затемкаждый контроллер окна для его -window.