Как уже говорили другие, для этого можно использовать exec, system и passthru, но я считаю, что вам нужно будет отключить безопасный режим.
safe_mode = Off
http://php.net/manual/en/features.safe-mode.php
Чтобы добавить к этому ответу, вы можете сделать форму
page1.html
<html>
<head>
</head>
<body>
<form action="script.php" method="post">
<input type="submit" />
</form>
</body>
</html>
script.php
<?php
shell_exec("cmd");
echo "done";
?>
Кто-то поправит меня, если я здесь не прав.