зависит от того, какой класс MFC вы используете.Вы можете запустить программу MFC как консоль, так и Windows.Однако это полностью зависит от того, что вы собираетесь программировать, что не ясно из вашего вопроса.
Я запрограммировал оконное приложение, написанное на MFC, для запуска как в Windows, так и в консольном приложении, но это требование проекта.