Есть только определенные дыры в безопасности, которые вы можете проверить с помощью любой программы. Вы можете проверить свою конфигурацию PHP, конфигурацию Apache, пароли, типичные ошибки и т. Д., Но вы не можете на самом деле программно проверять логические ошибки, которые могут вызвать дыры в безопасности.
Лучше всего сделать тщательный анализ кода сайта. Или, что еще лучше, попросите нескольких других людей тщательно проанализировать код веб-сайта в поисках дыр в безопасности.