Без сомнения, Java API, который вы бы использовали для этого, поскольку JavaFX сосредоточен исключительно на генерации пользовательского интерфейса, а не на общих операциях.
РЕДАКТИРОВАНИЕ
MyЛучше всего предположить, были ли ваши файлы небольшими, использовать JDOM , поскольку это простой, но мощный Java XML Api.