JVM, JBoss и MySQL должно быть достаточно. На самом деле этого более чем достаточно; -)
Если вы хотите использовать Enterprise JavaBeans, тогда необходим JBoss или аналогичный сервер приложений JavaEE. Однако если вы хотите разрабатывать веб-приложения на Java, для которых не требуется EJB, вы можете установить более легкий Java-сервер, обычно известный как контейнер сервлетов. Популярным и простым в использовании контейнером сервлетов является Apache Tomcat.