Я думаю, что VS может иметь различные проекты, нацеленные на разные версии .NET Framework в одном решении, без проблем. Создайте пустое решение (не имеет значения, какую версию фреймворка вы используете), затем добавьте соответствующие проекты (здесь вы выбираете правильную версию .NET Framework для каждого из ваших проектов).
Если у вас уже есть решение, вы можете изменить целевую версию любого из ваших проектов в решении, перейдя в свойства проекта и изменив там целевую версию .NET Framework.