Есть ли способ перезапустить JMS при запуске JBOSS.
Используйте веб-консоль, консоль администратора или консоль jmx в зависимости от используемой версии jboss.Они развернуты в конфигурации сервера JBoss по умолчанию.
http://localhost:8080/admin-console
Вы можете установить пароли, хотя ..
http://community.jboss.org/wiki/SecureJBoss