Если они оба на локальном хосте, вам не нужно подключаться 2 раза.Вы можете просто сделать что-то вроде этого:
SELECT * FROM db2.tags WHERE id IN(SELECT id FROM db1.tags WHERE id=1)
Таким образом, вы можете сравнивать обе базы данных, не устанавливая два соединения.
Теперь, если у вас нет обоих в одном месте, вы можетесделайте что-то вроде этого:
mysql_select_db(db1);
$db1Result = mysql_query("SELECT * FROM db1.tags WHERE id=1");
mysql_select_db(db2);
$db2Result = mysql_query("SELECT * FROM db2.tags WHERE id=1");
И после этого сравните результаты из $ db1Result с результатами из $ db2Result.