Если вы работаете с известным набором процедур SQL, должно быть довольно легко изучить их и придумать набор регулярных выражений, чтобы разделить их по мере необходимости.
Если вы ищете что-то, что будет обрабатывать любой возможный набор процедур SQL, то регулярные выражения не будут его взламывать! SQL имеет сложную рекурсивную грамматику, и всегда будет какой-то подвыбор, группировка или литерал, которые сломают ваш анализатор на основе регулярных выражений.
Как рекомендовал предыдущий автор, вам действительно нужен полный синтаксический анализатор, например, сгенерированный ANTLR или Javacc (есть ли C # -эквивалент?).
В сети имеется несколько определений грамматики SQL-92 для этих генераторов синтаксических анализаторов, поэтому большая часть работы за вас уже проделана - оставшаяся часть - написание логики приложения синтаксического анализатора - все еще далека от тривиальной.