Наиболее очевидное влияние - это количество открытых дескрипторов файлов, что иногда является проблемой для Linux. Хотя если проблема заключается в отсутствии файловых дескрипторов, количество jar-файлов вряд ли является проблемой.
Насколько я понимаю, индексный файл поддерживает постоянное время, чтобы что-то найти в банке.
Распаковка их всех в каталоги (или в один каталог) может дать вам небольшой импульс. Это будет недолгим, однако, как только класс окажется в постоянном пространстве, это все, что нужно. Это дало бы долгосрочное преимущество для любых файлов, не относящихся к классу, которые вы можете прочитать из пути к классам с помощью вызовов getResource ().