SELECT
SUBSTR(site, 1 , LOCATE('/', site, 8)-1)
as OnlyDomain
FROM table
GROUP BY OnlyDomain
ORDER BY id DESC LIMIT 50
[EDIT]: После запроса OP, вот обновленный ответ, который покажет правильные результаты, даже если у доменных имен нет завершающих слешей:
SELECT
SUBSTR(site, 1 , IF(LOCATE('/', site, 8), LOCATE('/', site, 8)-1, LENGTH(site)))
as OnlyDomain
FROM tablename
GROUP BY OnlyDomain
ORDER BY id DESC LIMIT 50