Если вы настраиваете Hibernate с помощью Spring, то на фабрике сессий вы можете таким образом указать местоположение вашего файла, если это не так, пожалуйста, обновите ваш вопрос с достаточной информацией
<bean id="mySessionFactory"
class="org.springframework.orm.hibernate3.LocalSessionFactoryBean">
<property name="configLocation">
<value>file:src/hibernate.cfg.xml</value>
</property>