Прежде всего вы должны не использовать makecert для генерации производственных сертификатов.
Вы можете хранить сертификат в коде, а не в машине, но имейте в виду, что безопасность всего шифрования так же хороша, как и безопасность закрытого ключа сертификата. Если машина, на которой будет запускаться приложение, защищена, вы можете использовать сертификат «incode», но если вы не можете гарантировать безопасность хост-машины, вам следует установить сертификат в Магазине Windows. Убедитесь, что у пользователя, запускающего приложение, есть разрешения на чтение закрытого ключа сертификата.
Если вы используете WSE или WCF, убедитесь, что вы протестировали стандартные методы шифрования сообщений или транспорта, чтобы убедиться, что они подходят для вашего использования.
Здесь - это несколько ссылок для программной установки сертификата с закрытым ключом (файл .pfx).