Прежде всего, люди теряют к нему интерес, так как он не будет развиваться дальше, и Entity Framework будет двигаться вперед.
LinqToSQl работает и приятен в использовании, но EF рано или поздно его обгонит.
Пуристы ORM предпочли бы, чтобы было проще настроить LINQ для Sql для использования объектной модели, внешней по отношению к уровню данных LINQ to SQL. Это можно сделать в Linq to SQl, но это ручной процесс, который далек от конфигурации по умолчанию.