Во-первых, есть одно очевидное отличие. Если есть 200 столбцов, все с текстом, то есть 199 запятых. Во-вторых, Java по умолчанию отбрасывает завершающие пустые строки. Вы можете изменить это, передав отрицательное число в качестве второго аргумента.
"foo,,bar,baz,,".split(",")
есть:
{foo,,bar,baz}
массив из 4 элементов. Но
"foo,,bar,baz,,".split(",", -1)
есть ::
{foo,,bar,baz,,}
со всеми 6.
Обратите внимание, что по умолчанию отбрасываются только завершающие пустые строки.
Наконец, не забывайте, что String компилируется в регулярное выражение. Это не применимо здесь, так как ,
не является специальным символом, но вы должны помнить об этом.