Я не совсем уверен, к чему вы клоните, однако, Inkscape позволяет вам позиционировать и рисовать объекты на основе пикселей. Вы можете нарисовать свою графику и т. Д. На Inkscape и использовать ее в качестве справочной информации.
Кроме того, как говорит Басарат Али, GIMP тоже хорош для этого.