При слиянии, подразумеваемом в "git pull", должны быть перезаписаны локальные файлы, которые не были зафиксированы.
Я бы предложил эту последовательность:
git init
git add .
git commit -m"local"
git remote add origin blah@blah
git fetch origin
На этом этапе наблюдайте репозиторий с помощью "gitk --all"
Объединить с
git merge remotes/origin/master
Это должно сообщить вам о конфликтах, если таковые имеются.
И локальные файлы не будут перезаписаны.