Я не думаю, что эти две вещи похожи друг на друга.FMDB - это просто оболочка для собственных API-интерфейсов SQLite, CoreData - это структура постоянства объектов, для которой SQLite является одним из возможных типов постоянного хранения.
Ознакомьтесь с руководством по программированию CoreData от Apple: https://developer.apple.com/library/ios/#documentation/Cocoa/Conceptual/CoreData/cdProgrammingGuide.html
В дополнение к этому руководству по разработке с использованием CoreData на Mac: https://developer.apple.com/macosx/coredata.html
CoreData не предлагает первичного ключа, хотя, как правило, уникальность обрабатывается кодом вашего приложения.FMDB или даже собственный API-интерфейс SQLite могут быть вам полезнее в зависимости от ваших конкретных требований.