Другой вариант - использовать ildasm для дизассемблирования одной из сборок, а затем использовать ilasm для сборки ее с другим именем.
Например, чтобы добавить 2 ссылки на одну и ту же сборку, в моей системе я делаю следующее (Windows 7, 64-битная, поэтому измените ваши пути соответственно)
d:\Sandbox>"c:\Program Files (x86)\Microsoft SDKs\Windows\v7.0A\Bin\ildasm.exe" /all /out=SandboxLib2.il SandboxLib.dll
с последующим
d:\Sandbox>"c:\Windows\Microsoft.NET\Framework\v4.0.30319\ilasm.exe" /dll SandboxLib2.il
После этого у меня есть другая сборка, которая называется SandboxLib2.dll. Несмотря на то, что это та же сборка, что и в начале, я могу добавить ссылки на обе библиотеки DLL в моем проекте.