Я не уверен, что это лучшее решение, но я бы, вероятно, сделал что-то с файлом cvswrappers в каталоге репозитория CVSROOT, используя commitinfo, commitcheck и commit_prep.pl. Если у вас нет commit_prep.pl, вы можете использовать что-то вроде этого:
http://opensource.apple.com/source/cvs/cvs-29/cvs/contrib/commit_prep.pl
В Интернете довольно много примеров, так что просто ищите эти коммит * файлы, если у вас их еще нет в репо.
Обратите внимание, что, как следует из этого поста, разрешение действительно устанавливается только во время первой фиксации файла, после чего вам нужно будет "вручную" изменить разрешение для самого репозитория.
Как добавить разрешение на выполнение файла в CVS после того, как он уже зарегистрирован?
В файле commit_prep.pl вы можете очистить разрешение exec, используя chmod ugo-x, перед тем, как файл будет зафиксирован в первый раз.
В этом решении предполагается, что вы используете Linux.