Один из способов - использовать iFrames для показа рекламы и использовать метатеги в них, чтобы запретить Google индексировать их.
Другой способ - использовать JavaScript для печати объявлений, чтобы их не было, если браузер не поддерживает JavaScript (Google Bot не выполняет JavaScript).
Многие рекламные системы используют JavaScript, но я действительно не знаю, является ли это лучшим способом сделать это - но это способ.