Как получить доступ к файлам Js и CSS в HttpModule?
Вам может потребоваться связать расширения .css и .js с ASPNET_ISAPI.DLL, в противном случае IIS просто обходит .net и обрабатывает и обслуживает сам файл.
Метод отличается для разных версий IIS, но вам стоит начать: http://msdn.microsoft.com/en-us/library/bb515343.aspx
* Я никогда не создавал правильный HttpModule, поэтому я просто делаю обоснованное предположение