В вашем pom.xml добавьте тег <dependencies>
и добавьте в него все зависимости Jars. Он будет загружен во время сборки.
как это
<project>
...
<dependencies>
<dependency>
<groupId>group-a</groupId>
<artifactId>artifact-a</artifactId>
<version>2.1</version>
<scope>compile</scope>
</dependency>
<dependency>
<groupId>group-a</groupId>
<artifactId>artifact-b</artifactId>
<version>1.0</version>
<type>jar</type>
<scope>runtime</scope>
</dependency>
</dependencies>
....
</project>
подробнее здесь http://maven.apache.org/guides/introduction/introduction-to-dependency-mechanism.html
Для общедоступных Jar-файлов вы можете искать зависимости здесь http://mvnrepository.com/
Для банок, которые не являются общедоступными, вы можете установить их локально,
mvn install:install-file -Dfile=<path-to-file> -DgroupId=<group-id> -DartifactId=<artifact-id> -Dversion=<version> -Dpackaging=<packaging>
см. Здесь
Я не уверен, как устанавливать сторонние фляги внутри Eclipse. Должен быть какой-то способ использования плагина m2eclipse.