Похоже, что фокус клавиатуры в вашем приложении по умолчанию встроен в Acrobat Reader, поэтому, когда ваше главное окно получает нажатие клавиши, оно отдает их Reader в предпочтении всего остального, включая собственные команды меню.
Это несколько сложно, поскольку вы, вероятно, хотите, чтобы Reader получил фокус и обрабатывал сочетания клавиш - только не те, которые также определены вашим главным окном.
Попробуйте переопределить OnKeyDown в вашем классе MainWindowи посмотреть, если Ctrl + Shift + S прибывает туда.Если это так, ответьте прямым вызовом соответствующего обработчика события команды и установите для параметра Handled значение true в аргументе события, чтобы MainWindow не отправлял этот ключ куда-либо еще.