Это разница между физической моделью и концептуальной моделью. В физической модели вы используете соединение, способное определять отношение M: N, потому что базы данных отношений не поддерживают его изначально. В концептуальной модели вы не имеете дело с физической памятью. Соединительная таблица не входит в концептуальную модель, потому что она не нужна. Вам не нужно обращаться к нему, вам нужно получить доступ к тегам, связанным с вопросами или вопросами, связанными с тегами. Эти отношения напрямую доступны через свойства навигации.
Соединительная таблица будет автоматически добавлена в модель, только если она содержит дополнительные столбцы (не только FK для построения отношения M: N). Также можно вручную изменить (EF4) модель и заставить ее добавить сущность для соединительной таблицы.