Ну, это довольно странно. Этот список почти наверняка заполнен из файла проекта, элемент <SubType> должен быть значительным. Но вы исключили эту возможность, воссоздав файл проекта с нуля. Я не вижу, как свойство формы могло бы исчезнуть из списка.
Вы можете попробовать отредактировать файл My Project \ Application.myapp с помощью Блокнота. Сначала скопируйте решение и убедитесь, что оно не загружено в VS. Измените элемент <MainForm> на одну из форм, которых нет в списке. Загрузите проект и посмотрите, что показано на странице свойств проекта, и если что-то сломается при компиляции.