Вы можете использовать MSBuild, чтобы помочь вам.Если вы отредактируете свой файл csprog, чтобы у вас было 2 блока ItemGroup с вашими ссылками ...
<ItemGroup Condition=" '$(Configuration)|$(Platform)' == 'Debug|AnyCPU' ">
<Reference Include="System" />
...
</ItemGroup>
<ItemGroup Condition=" '$(Configuration)|$(Platform)' == 'Release|AnyCPU' ">
<Reference Include="System" />
<Reference Include="System.Core">
<RequiredTargetFramework>3.5</RequiredTargetFramework>
</Reference>
...
</ItemGroup>
..., то вы получите разные ссылки в разных сборках.Обратите внимание, VS.NET может не обновлять список ссылок, но вы увидите разницу при сборке.
Это может означать, что вам нужно обновить ваш csproj вручную или запустить какой-либо инструмент для создания этих двухнаборы ссылок, но с этого момента ваши сборки будут позаботиться обо всем автоматически.