Вы не можете установить запрошенные разрешения в файле JAD, как вы можете (я считаю) в J2ME, но вы можете запросить разрешения, которые установлены во время выполнения.
Вы находитесь на правильном пути с ApplicationPermissions: при запуске вашего приложения вы будете делать что-то подобное, например, запрашивать разрешение на доступ к файловой системе:
ApplicationPermissionsManager apm = ApplicationPermissionsManager.getInstance();
if(apm.getPermission(ApplicationPermissions.PERMISSION_FILE_API) != ApplicationPermissions.VALUE_ALLOW) {
ApplicationPermissions ap = new ApplicationPermissions();
ap.addPermission(ApplicationPermissions.FILE_API);
apm.invokePermissionsRequest(ap);
}