Мы начали внедрять NHAPI в некоторых наших приложениях обработки HL7. У нас были те же проблемы, что и у вас, но, учитывая, что это открытый исходный код, он, безусловно, более полезен, чем написание собственного парсера. Так как он и проект HAPI, на котором он основан, лицензированы по MPL, вы всегда можете разветвить кодовую базу, если обнаружите, что проект не соответствует вашим потребностям.
Мы также использовали коммерческий продукт, имя которого я забыл, но это вызвало свои проблемы. Установка и лицензирование - это сложная задача, особенно в новых операционных системах, и компания уделяет особое внимание продукту, поэтому поддержка очень плохая.
Я также обнаружил, что есть хотя бы немного стороннего использования: http://dib0.nl/code/255-where-to-begin-if-you-want-to-start-with-hl7-in-c-or-java