Существуют некоторые тонкие различия в том, как вы пишете свой код, но самое большое различие заключается в доступных библиотеках.
С IronPython у вас есть все библиотеки .Net, но за счет некоторых «обычных» библиотек python, которые не были перенесены на .Net VM, я думаю.
По сути, вы должны ожидать, что синтаксис и идиомы будут одинаковыми, но скрипт, написанный для IronPython, не запустится, если вы попытаетесь передать его «обычному» интерпретатору Python. Скорее, наоборот, но и там вы найдете различия, я думаю.