Да. Просто используйте find_program(), чтобы найти его и execute_process(), чтобы запустить его и захватить его вывод. Если вы действительно хотите проверить SDL и использовать его в своем проекте, CMake поставляется с FindSDL.cmake, поэтому вы можете просто вставить find_package(SDL) в CMakeLists.txt, а затем просто получить доступ к SDL_CFLAGS и т. Д.