Java Math Expression Evaluator делает именно то, что вам нужно. Он поддерживает следующие функции: +, -, *, /, ^,%, cos, sin, tan, acos, asin, atan, sqrt, sqr, log, min, max, ceil, floor, abs, neg, rndr.
Образец:
MathEvaluator m = new MathEvaluator("-5-6/(-2) + sqr(15+x)");
m.addVariable("x", 15.1d);
System.out.println( m.getValue() );