Если вы используете его более одного раза или в цикле, вы можете определить константу
public static final Foo[] FOO = new Foo[]{};
и сделайте преобразование как
Foo[] foos = fooCollection.toArray(FOO);
Метод toArray
возьмет пустой массив, чтобы определить правильный тип целевого массива, и создаст для вас новый массив.
Вот мое предложение по обновлению:
Collection<Foo> foos = new ArrayList<Foo>();
Collection<Bar> temp = new ArrayList<Bar>();
for (Foo foo:foos)
temp.add(new Bar(foo));
Bar[] bars = temp.toArray(new Bar[]{});