Я не уверен, что понимаю, но, кажется, вы хотите переместить NA в конечные столбцы? Вот один из способов (сделано быстро; может быть, более чистый путь):
> d <- data.frame(rbind(c(1, 2, NA, 4, NA, 6), c(NA, 2, 3, 4, 5, 6)))
> d
X1 X2 X3 X4 X5 X6
1 1 2 NA 4 NA 6
2 NA 2 3 4 5 6
> t(apply(d, 1, function(x) c(x[!is.na(x)], rep(NA, sum(is.na(x))))))
[,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6]
[1,] 1 2 4 6 NA NA
[2,] 2 3 4 5 6 NA
По вашим данным:
> t(apply(data, 1, function(x) c(x[!is.na(x)], rep(NA, sum(is.na(x))))))
[,1] [,2] [,3] [,4]
[1,] "20/02/01" "16/04/01" NA NA
[2,] "23/03/02" "03/05/02" "12/02/03" NA