Преимущество использования MonoDevelop или SharpDevelop заключается в том, что они имеют открытый исходный код, поэтому вы можете быть уверены, что имеете полный доступ к AST - вы можете войти в ядро и изменить вещи, если это необходимо. Еще одним преимуществом является то, что они на 100% управляемый код, поэтому их гораздо проще разрабатывать и отлаживать. Кроме того, у вас больше шансов завладеть основными разработчиками и задать им подробные вопросы.
Если вам интересно работать с MonoDevelop, я бы порекомендовал вам осуществить рефакторинг непосредственно в существующем аддоне Refactoring. Мы хотели бы иметь больше возможностей рефакторинга:)
Кодовая база претерпела некоторые изменения в master, потому что мы переключились на новый AST и парсер, основанный на парсере Mono C #, и рефакторинг еще не перенесен. Я бы порекомендовал вам зайти в наш список рассылки или IRC и задать там более конкретные вопросы, чтобы мы могли дать вам более конкретные указания.