Всегда лучше вносить такие изменения вручную, а не через графический интерфейс.
ALTER TABLE YourTable
ADD CONSTRAINT CHK_YourTable_YourColumn_YesOrNo CHECK(YourCOlumn IN ('Y', 'N'))
Редактировать: GUI может выдавать неоптимальный DDL, и с небольшой практикой вы можете быть столь же эффективными с ручными сценариями, как с GUI, и вы точно знаете, что происходит. Также вы действительно хотите сохранить все ваши DDL в системе контроля версий, включая скрипт для изменений.