Если я правильно помню, установочный пакет VS 2010 создает установочный пакет InstallShield. То, что вы хотите сделать, это подписать этот пакет цифровой подписью.
Итак, что вам нужно сделать для достижения ваших целей:
1) Выясните, что такое приложение-установщик. Вероятно, InstallShield, если вы используете VS, есть альтернативы InstallShield.
2) Пройдите процесс создания пакета установки с помощью этого инструмента.
3) Прочтите инструкции из приложения Install Builder, чтобы узнать, как подписывать свои пакеты
Скорее всего, вам потребуется приобрести подтверждение у поставщика системы безопасности, такого как Verisign. Неподтвержденные подписанные файлы не намного лучше, чем подписанные файлы.
Это самый надежный способ самостоятельной проверки пакетов установки.
Следующая лучшая альтернатива - проверить контрольную сумму файла (обычно MD5) и рекомендовать, чтобы люди, устанавливающие ваше программное обеспечение, проверяли его на наличие файла перед запуском.