Удалите все оставшиеся (скрытые) папки .svn из каталогов, которые вызывают у вас проблемы. Они, вероятно, будут существовать в каждом вложенном каталоге.
Если проблема не в этом, обязательно сделайте чистую проверку и обновите, прежде чем перемещать файлы в каталог, куда вы хотите их зафиксировать. Затем повторно добавьте их и подтвердите. Всегда остерегайтесь случайных .svn папок.