Хорошей практикой может быть добавление индекса для каждого внешнего ключа, но следует предупредить, что если у вас большая база данных, чем больше индекс, тем тяжелее будет ваша система. При добавлении индекса всегда требуется дополнительная стоимость обслуживания и системных ресурсов.
Лично я бы добавил индексы только для внешних ключей, которые используются в запросах, требующих оптимизации. Обязательно обновляйте свои индексы, периодически запуская профилировщик для мониторинга вашей системы.