Если это тот же механизм, что и в Windows, Flash Builder будет использовать последний запущенный вами Flash-проигрыватель.
РЕДАКТИРОВАТЬ: для того, чтобы Flash Builder запускал ваш проект в проигрывателе SA, вам необходимо снять флажок «генерировать HTML»"на вкладке" Компилятор Flex "окна свойств проекта