CI не имеет решения для этого.Причина в том, что попытка вставить одно приложение в другое - это все равно, что заставить два человека водить машину.Оба человека будут сталкиваться друг с другом, и попытка достижения цели вождения будет балансом между ними.
Исключением может быть HMVC, поскольку он предназначен для нескольких экземпляров MVC в каждом из них, а также приложений с хорошим пространством имен, например CI.Должен быть минимальный конфликт, если вы помещаете CI в другое приложение по большей части.
Это действительно не лучшая практика, но если вы настаиваете на том, чтобы отказаться от этого подхода, я бы использовал контроллер в качестве начальной загрузки или индекса для другого приложения.Поместите остальную часть другого приложения как папку в CI, чтобы избежать конфликтов с CI.Вам, вероятно, придется немного изменить пути, а также переделать URL.