Проблема не в версии Python, а в том, что вы забыли сбросить стандартный вывод. Попробуйте изменить код на:
from __future__ import print_function
import time
import sys
wipe = '\b'*len(time.asctime())
print("The current date and time are: "+' '*len(wipe), end='')
while True:
print(wipe+time.asctime(), end='')
sys.stdout.flush()
time.sleep(1)
sys.stdout сбрасывается только при печати новой строки.