Вы можете контролировать доступ к своим сайтам, применяя правила проверки подлинности и авторизации в своих личных приложениях.
Однако ...
Я настоятельно рекомендую запускать приложения интрасети и Интернет-приложения в отдельной сети IISи использовать сетевой брандмауэр для предотвращения доступа в Интернет к вашему сайту в интрасети.