Один из способов - отредактировать sys.path, особенно если ваши пакеты устанавливаются в разные каталоги / zip-файлы (например, если вы используете яйца). Перед импортом удалите ненужные файлы из sys.path.
Если это неосуществимо (поскольку все компоненты находятся в одной записи sys.path), вы можете взломать подавление в самих пакетах. Например. иметь глобальную переменную (окружение или что-то исправленное в модуле sys), список пакетов, при импорте которых вы хотите потерпеть неудачу:
sys.suppressed_packages=set()
sys.suppressed_packages.add('X')
Затем в каждом пакете явно вызывается ошибка ImportError:
# X.py
import sys
if 'X' in sys.suppressed_packages:
raise ImportError, 'X is suppressed'
Конечно, вместо использования модуля sys вы можете создать для этого собственную инфраструктуру вместе с функцией hide_package.